本機構は、平成12年10月から業務を開始しているが、平成20年4月から第一種特定放射性廃棄物に加えて第二種特定放射性廃棄物（以下「特定放射性廃棄物」という）の最終処分に係る業務を開始する予定である。

　本機構は、「特定放射性廃棄物の最終処分に関する法律」（以下「法」という）、法第3条に基づく「特定放射性廃棄物の最終処分に関する基本方針」、法第4条に基づく「特定放射性廃棄物の最終処分に関する計画」及び法第20条で規定している安全の確保のための法律に従い、次の業務を行う。

1. (1) 発電用原子炉の運転に伴って生じた使用済燃料の再処理等を行った後に生ずる特定放射性廃棄物を最終処分するために行う業務。
   1. 一 第一種特定放射性廃棄物に係る次の業務
      1. イ 概要調査地区等の選定を行うこと。
      2. ロ 最終処分施設の建設及び改良、維持その他の管理を行うこと。
      3. ハ 第一種特定放射性廃棄物の最終処分を行うこと。
      4. ニ 最終処分を終了した後の当該最終処分施設の閉鎖及び閉鎖後の当該最終処分施設が所在した区域の管理を行うこと。
      5. ホ 法第11条第1項の拠出金を徴収すること。
      6. へ イからホまでに掲げる業務に附帯する業務を行うこと。
   2. 二 第二種特定放射性廃棄物に係る次の業務
      1. イ 概要調査地区等の選定を行うこと。
      2. ロ 最終処分施設の建設及び改良、維持その他の管理を行うこと。
      3. ハ 第二種特定放射性廃棄物の最終処分を行うこと。
      4. ニ 最終処分を終了した後の当該最終処分施設の閉鎖及び閉鎖後の当該最終処分施設が所在した区域の管理を行うこと。
      5. ホ 法第11条の2第1項の拠出金を徴収すること。
      6. へ イからホまでに掲げる業務に附帯する業務を行うこと。
2. (2) 上記業務のほか、上記業務の遂行に支障がない範囲内で委託を受けて行う業務。
   1. 一 経済産業大臣の認可を受けて、核燃料物質又は核燃料物質によって汚染された物を固型化し、又は容器に封入した物（特定放射性廃棄物を除く。）について、特定放射性廃棄物の最終処分と同一の処分を行うこと。
   2. 二 上記（1）一 イからニ及び二 イからニならびに(2)一に掲げる業務のために必要な調査を行うこと。

　発電用原子炉設置者及び再処理施設等設置者が納付する拠出金及び当該拠出金の運用益により、本機構が行う最終処分業務の資金に充てる。

　なお、設置する部門は、業務の進捗又は技術等の変化に合わせて、柔軟かつ機動的に対応できるように必要に応じて見直すものとする。